发酵罐从碳钢制造到不锈钢制造的变化进程中，除了一次性发酵罐多采用磁力搅拌和部分部件采用一次性仪表，通气管从上部移到了侧部，并且将一次性袋子固定在容器中以外，其他控制部件的形式均与原来相同。发酵控制的DCS系统除了采集、显示下位机的所有数据外，还能够修改和控制参数对象。早期发酵罐控制系统采用数据采集器，将模拟量信号分别采集，在模块中进行模数转换后，用计算机的232接口与上位机通讯。后期发酵罐控制系统是采用PLC与上位机通讯的方式，有的控制器上还采用SCADA系统，可以对现场的运行设备进行监视和控制，以实现数据采集、设备控制、测量、参数调节以及实现各类信号报警等各项功能。此外，还将PLC与通用监控软件MCGS组态软件应用到发酵类生物反应器控制系统中，可实时监控现场的环境参数和各执行部件的控制状态，能够满足不同的工艺要求，大大提高了系统的可靠性和灵活性。
发酵罐在使用过程中液体菌种替代固体菌种的趋势已经被大家认可了，现在越来越多的工厂开始使用液体菌种进行生产，虽然液体菌种各项生产指标都优于固体菌种，但是液体菌种的风险性却逐渐被人们所忽视。液体菌种接种前要经过严格的检测才能够使用，但是更重要的是一旦发酵罐出现染菌，要尽快分析出染菌的原因，并加以解决。要分析染菌的原因得从每一个环节出现染菌的表现说起，反过来，当出现染菌，我们就能找到是哪个环节出现问题了。
1、灭菌
发酵罐灭菌不彻底引起的染菌会在里2-3天内表现出来，表现是培养液逐渐变得浑浊，菌球形成和生长变慢，不同细菌从排气味道上表现的程度有所不同，必须要注意的是如果培养的是低温品种，如金针菇，有表现的时间会延后，甚至到接种前从宏观上也没有明显的表现，只有通过检测才能确定已经感染细菌了。引起发酵罐灭菌不彻底的原因主要在灭菌锅（韩式发酵罐），单体罐只要在灭菌过程的操作上。
解决办法：韩式发酵罐，检查灭菌锅程序、管路、电磁阀（气动阀）、温度传感器、压力传感器等。单体发酵罐，检查冷空气是否排净、管路灭菌是否达标等。经过排查还不能解决，就需要适当增加灭菌时间或者灭菌温度。
2、冷却
冷却过程引起染菌主要是因为冷却过程到压力“0”以前没有及时给
发酵罐进气，造成负压，虽然管路都安装有单向阀，但是要知道单向阀不是的，而且单向阀使用时间久了出现故障的可能性很高。一般因为冷却引起的染菌几率不高，染菌表现出来的时间比灭菌不彻底引起的染菌要晚一些。
解决办法：发酵罐冷却时安排专人负责，避免出现负压的情况，加强发酵罐管件的日常检查维护。
3、接种
发酵罐接种的过程是罐体开放与外界连通的过程，是危险的环节，接种引起的染菌表现严重时会很快，在1-2天就有可能表现出来，主要是人员操作不当所引起，食用菌层流罩净化效果下降也会引起染菌。
解决办法：加强接种人员的操作技能，要制定出操作规程；定期检查接种层流罩的净化效果，必要时每天对层流罩进行平板沉降检测。
4、气源
气源引起发酵罐染菌表现出来的时期不确定，没有规律，同时气源带菌的轻重对染菌表现也有轻重之分。特别是气源进水引起的影响大，气源引起染菌有一个大特点是不同天数的发酵罐同时表现染菌。
解决办法：每天或者定期对无菌空气质量进行检测，加强无菌空气系统设备的巡检工作。气源长时间中断也会对液体菌种生长造成影响，但一般不会引起染菌。
5、三角瓶菌种
三角瓶菌种不纯会直接导致
发酵罐染菌，表现的时期也很早，快天就会出现剧烈的表现，这种情况出现的几率不是很大，但是也要对三角瓶菌种的纯度给予足够的重视，一个合格的液体菌种技术员不单是发酵罐做的好，制作试管母种和三角瓶的水平也很重要。
解决办法：重视和加强试管母种、三角瓶菌种制作水平，做好标准，并且要执行，如果对三角瓶菌种没有把握，可以将接种后的三角瓶进行空培养。
